Podle nejnovějšího dopisu Evropské komise (EK) Agrofert stále ovládá premiér Andrej Babiš, který má podle něj přímý i nepřímý vliv na svěřenské fondy, do nichž v roce 2017 vložil mimo akcie Agrofertu ještě firmu SynBiol. Dokument zaslaný do Česka na konci října se popasoval s květnovou argumentací Ministerstva pro místní rozvoj (MMR) a stále tvrdí, že premiér porušuje jak české, tak i evropské zákony. 

Nezávislý orgán Evropské unie se tak vyjádřil ke střetu zájmů Andreje Babiše po necelém roce a podle zjištění, které jako první přinesl portál iRozhlas, mu obhajoba české strany pádné argumenty nepřinesla. Zároveň má podle EK Česká republika ve střetech zájmů závažné nedostatky. Mimo zmíněné tvrzení přichází komise s tím, že by měly být prověřeny dosud nezkontrolované projekty Agrofertu. 

České republice je také podle dopisu vytýkáno, že se střetům zájmů a celé konfliktní situaci dostatečně nevěnuje. Mělo by to přitom být v jejím zájmu, jelikož premiér dle EK porušuje český zákon o střetu zájmů. Podle znění daného zákona nesmí firma vlastněná alespoň z 25 procent členem vlády pobírat dotace či investiční pobídky. Zakazuje mu také vlastnit média. 

Podle EK porušuje současný premiér i evropskou legislativu. Podle evropského nařízení z roku 2018 dochází ke střetu zájmu, je-li "ohrožen nestranný a objektivní výkon funkcí účastníka finančních operací" z důvodu osobního nebo finančního zájmu. Proto dopis komise říká, že veškeré unijní dotace pro Agrofert v posledních třech letech nebyly oprávněné.

V květnu letošního roku přitom MMR uvedlo, že EK částečně přistoupila na argumenty českých úřadů k auditu. Auditní zpráva obsahovala 22 zjištění a komise pět z nich uzavřela, dvě zrušila, 12 zjištění nechala otevřených zcela a tři částečně, oznámilo tehdy MMR. Tato zpráva odpovídala na audit EK z loňského roku, který říkal že Česko ztratí 285 milionů korun. 

Evropští auditoři si tehdy vybrali 10 z celkových 22 projektů z Operačního programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, ze kterých Agrofert čerpal dotace díky schválení tuzemskými úřady. Auditoři v nich našli vysokou míru chyb, údajné inovace ale v reálu inovacemi nebyly a jiné společnosti už je používaly dříve. 

Podle iRozhlasu jde například o starší dotaci na inovace pro Lovochemii, který společně s 50milionovou dotací vyšel celkem na 190 milionů korun. Podle auditorů však nešlo o žádné inovativní postupy, proto dotace pro Lovochemii nebyla oprávněná. 

Podle EK však nešlo jen o Lovochemii. Například pekárna Zelená louka získala dotaci na inovativní výrobu toastového chleba pro značku Penam. I zde však šlo o již zavedenou technologii, používala ji v roce 2013 společnost Lieken AG, paradoxně spadající také do skupiny Agrofertu. Ministerstvo průmyslu a obchodu tehdy pekárně přikleplo z peněz EU 100 milionů korun. Ty však pekárna nedostala kvůli auditnímu šetření, na rozdíl od peněz z české státní kasy.

Na dalších prověřovaných projektech Agrofertu se podle EK nyní pracuje, v gesci to má "řídicí orgán pro operační program Podnikání a inovace", tedy ministerstvo průmyslu a obchodu. Mělo by jít například o dotace pro Výzkumný ústav organických syntéz, zemědělský podnik Primagra či zpracovatele plastů Fatra.

Samotný Agrofert však jakoukoliv vinu či pochybení odmítá. "Jde primárně o záležitost mezi Evropskou komisí a Českou republikou. S námi nikdo žádné řízení nevedl a ohledně auditu nás nikdo nekontaktoval," řekl  iRozhlasu mluvčí koncernu Agrofert Karel Hanzelka. Podle jeho slov se navíc Agrofert snažil s EK "zahájit dialog", ale Brusel neodpověděl. 

Stejný přístup má i český premiér, který jakýkoliv střet zájmu odmítá a vyjádřil se k tomu i během interpelací v Poslanecké sněmovně. "Je to zajímavé, že vás (poslance - pozn. red.) to ještě baví. Když hnutí ANO přišlo do vlády, tak jste se nás snažili zbavit. Vznikl Lex Babiš, a když se vám nepodařilo zbavit se Babiše v Česku, tak píšete udavačské dopisy do Evropy. Nevím, jak mám vysvětlit, že žádný střet zájmů nemám. Proč říkáte, že je to nezákonné? Dodržuju zákony, převedl jsem Agrofert do svěřenských fondů. Nemůžu ani na valnou hromadu," hájil se ve čtvrtek odpoledne premiér Andrej Babiš v návaznosti na interpelaci poslance za Piráty Františka Kopřivy.

Na jeho stranu pak i osobně zaútočil. "Objevili se v evropské komisi auditoři, kteří kandidovali za vaší (pirátskou stranu) do evropského parlamentu. Je absurdní, že Evropská komise vykládá české právo. To mají dělat čeští soudci. Nebyl jsem účastníkem auditního procesu, nikdo mě neoslovil, abych se k tomu vyjádřil. Znovu se potvrdilo, že Česko nic vracet nebude," ukončil svůj projev premiér.